Memasuki babak kedua, skuad Bali United langsung tanpa gas meski didukung 10 pemain. Striker Bali United, Jefferson Assis yang masuk lapangan pada menit ke-46 menggantikan Rahmat Arjuna berhasil menyamakan kedudukan menjadi 1-1 usai memanfaatkan umpan Eber Bessa pada menit ke-50.
Beberapa kali tim tuan rumah, termasuk Jefferson Assis, kesulitan membobol gawang, namun gagal melakukannya karena bola nyaris meleset dari gawang yang dijaga ketat Nadeo Argawinata.
Di sisi lain, Borneo FC juga tak mau kalah, beberapa kali melakukan serangan namun pertahanan dan serangan balik tetap dilakukan skuad tuan rumah.
Jelang babak kedua berakhir, Borneo FC kembali menambah skor menjadi 2-1 lewat sepakan Felipe Cadenazzi pada menit ke-89 memanfaatkan sepak pojok Sihran Amarullah.