Memasuki babak kedua, skuad Bali United langsung tanpa gas meski didukung 10 pemain. Striker Bali United, Jefferson Assis yang masuk lapangan pada menit ke-46 menggantikan Rahmat Arjuna berhasil menyamakan kedudukan menjadi 1-1 usai memanfaatkan umpan Eber Bessa pada menit ke-50.
Beberapa kali tim tuan rumah, termasuk Jefferson Assis, kesulitan membobol gawang, namun gagal melakukannya karena bola nyaris meleset dari gawang yang dijaga ketat Nadeo Argawinata.
Di sisi lain, Borneo FC juga tak mau kalah, beberapa kali melakukan serangan namun pertahanan dan serangan balik tetap dilakukan skuad tuan rumah.
Jelang babak kedua berakhir, Borneo FC kembali menambah skor menjadi 2-1 lewat sepakan Felipe Cadenazzi pada menit ke-89 memanfaatkan sepak pojok Sihran Amarullah.
Hingga empat menit perpanjangan waktu habis, perjuangan Bali United di kandang sendiri yang disaksikan langsung 9.620 penonton terpaksa harus mengakui keunggulan tim tamu, 2-1.
Dengan kemenangan Borneo FC, skuad asuhan Pieter Huistra semakin terkejar dan memimpin puncak klasemen Liga 1 Indonesia dengan 41 poin. Sedangkan Bali United tetap di peringkat keempat dengan 33 poin.