Di Villarreal, Setien awalnya menunjukkan pengaruh besar. Ia berhasil membawa Kapal Selam Kuning finis di posisi kelima klasemen akhir La Liga musim 2023/2024. Sementara di Copa del Rey, Villarreal berhasil lolos ke babak 16 besar sebelum dihentikan Real Madrid. Villarreal juga terhenti di babak yang sama di UEFA Conference League.
“Klub menyoroti profesionalisme dan komitmen luar biasa Setien dan mengapresiasi dia yang mengambil alih komando dalam situasi sulit musim lalu,” kata Villarreal dalam pernyataan di situs klub.
“Di bawah pelatih Cantabria, tim menjalani musim yang hebat, mempromosikan banyak pemain muda dari tim yunior, dan lolos ke Liga Eropa UEFA setelah mencapai tempat kelima di LaLiga. Villarreal CF ingin mengucapkan terima kasih kepada Setien atas kerja, keterlibatan, dan harapannya dia memberikan yang terbaik untuk karier olahraganya,” tambah Villarreal.