Atkinson dipercaya manajemen MU untuk mengembalikan kejayaan setelah lebih dari satu dekade terpuruk pasca pensiunnya Sir Matt Busby. Ia mencuri perhatian usai mengantarkan West Bromwich Albion meraih sejumlah prestasi.
Diantaranya membawa klub tersebut menduduki peringkat ketiga liga dan lolos ke babak perempat final Piala UEFA pada musim 1978/1979. Beberapa kemenangan bersejarah diraih Atkinson, termasuk mempermalukan MU 5-3 di Old Trafford pada Desember 1978.
Atkinson menggantikan Dave Sexton di MU pada tahun 1981. Bersamanya, MU tampil menjanjikan. Setelah mengangkat tim ke posisi ketiga di musim debutnya, setelah sebelumnya berada di posisi kedelapan, Atkinson mempersembahkan gelar Piala FA pada musim berikutnya.
Ia kembali menjuarai Piala FA pada 1984/1985 dan membantu MU bersaing di papan atas, plus mencapai babak final kompetisi Eropa.
Namun, nasib mulai berubah pada tahun 1986. Setan Merah dirundung nasib buruk, termasuk gagal mengeksekusi tiga penalti hanya dalam waktu lima hari.